Аз дастовардҳои илмии ин давра нашр шудани таълифоти академик Аҳрор Мухторов «Афшин Ҳайдари уструшанӣ – сарлашкари бузургтарини Халифати араб», «Авроқи рангини таърих», ба чоп тайёр намудану нашри асарҳои Муҳаммадалӣ писари Муҳаммадсаиди Балҷувонӣ «Таърихи нофеъӣ», Муҳаммадҳакимхон «Мунтахаб-ат-таворих» дар ду ҷилд (бо сарсухан ва тавзеҳоти олим) маҳсуб мешаванд.
Бо изҳори таассуф бояд қайд кард, ки китобҳои номбурда ва даҳҳо мақолаҳои илмии солҳои 2006-2007 ба чоп расондаи академик А.
Мухторов, охирин таълифоти нашрии давраи дар қайди ҳаёт будани ин муаррихи барҷастаи миллат, ки ҳаёту фаъолияти беш аз ним асраи худро барои рушду нумўи илми таърихи ҷумҳурӣ сарф намудааст, ҳисоб меёбанд.
Дар солҳои 2006-2010 мудири шуъбаи номбурда, Ҳ. Пирумшоев чандин китобу ҷузвияҳо (брошюра) аз ҷумла «Фаъолияти Асотсиатсияи ҷумҳуриявии муаллимони таърих, ҷомеашиносӣ ва ҳуқуқ аз рўи амалӣ сохтани лоиҳаи «Модернизатсияи таълим» дар солҳои 2005- 2007», «Таърихи Дарвоз (аз қадим то замони муосир)», ҷилди дуюми «Таърихи халқи тоҷик. Китоби дарсӣ барои факултетҳои таърихи макотиби олии ҷумҳурӣ» (дар шарикмуаллифӣ), «Руссия-Тоҷикистон: таърихи муносибатҳои тарафайн» (дар ҳаммуаллифӣ) ва ғайраро рўи чоп овард.
Ходими пешбари шуъба, доктори илмҳои таърих А.Саидов ин панҷсоларо бо нишондиҳандаҳои ҷолиб ҷамъбаст намуд. Таҳқиқоти ў «Вазъи иҷтимоӣ-иқтисодии хонигарии Бухоро дар асрҳои XVII – нимаи аввали XVIII», «Таърихи сиёсии хонигарии Бухоро дар асрҳои XVII – нимаи аввали XVIII», «Фарҳанги маънавӣ ва моддии халқи тоҷик дар асрҳои XVII – нимаи аввали XVIII», аз камолоти баланди илмиаш шаҳодат медиҳад. Ҳамчунин дар ин давра бо заҳмати ин олим «Худомўзии забони арабӣ» (барориши дуюм ва сеюм, дар ҳаммуаллифӣ), «Ишораҳо ба таърих ва оинҳои тоҷикони Хитой», китоби аҳамияти маъхазӣ доштаи Ҷамол-ал-Қаршӣ «Мулҳакот-ас-Сурах» ба забони русӣ тарҷума ва бо пешгуфтору тавзеҳоти мукаммал ба чоп расидаанд.
Ходими пешбари илмии шуъба, доктори илмҳои таърих, Хамза Камол дар ин давра рисолаи ниҳоят ҷолиб – «Таърихи сиёсии Мовароуннаҳр дар асри XVI» ва дар ҳаммуаллифӣ «Ҷойҳои муқаддаси Тоҷикистон»-ро рўи чоп овард.
Ходими илмии шуъба, номзади илмҳои таърих (феълан доктори илмҳои таърих) С. Бобомуллоев дар ин панҷсола рисолаҳои «Аз таърихи тадқиқоти бостоншиносӣ дар Тоҷикистони Ҷанубӣ», «Таъсисёбии Экспедитсияи бостоншиносии Тоҷикистон ва фаъолияти он дар солҳои 40-50-ум», «Таърихи омўзиши ёдгориҳои таърихии Тоҷикистони Ҷанубӣ (асрҳои XX – ибтидои XXI» ба табъ расонд, ки аз саҳми назарраси ў дар фаъолияти илмии ин давраи шуъба гувоҳӣ медиҳад.