Баъдтар Камол Айнӣ аз соли 1965 то 1972 бо салоҳдиди Президиуми Академияи илмҳои Тоҷикистон ва фармони Президиуми Академияи илмҳои СССР, ба унвони муҳаққиқи даъватшуда барои таҳқиқ ва нашри осори муштараки хаттии форсу тоҷик, тибқи барномаи ҳамкориҳои илмӣ-фарҳангии СССР ва Эрон ҷалб мешавад ва дар Маскав ба ин кор оғоз намуда, дар Теҳрон низ ба сифати пажўҳишгари даъватӣ бо ҳамкории донишмандони дигар як силсила осори хаттии форс-тоҷикро тибқи талаботи имрўзаи илми матншиносии ҷаҳонӣ таҳқиқ ва нашр менамояд. Соли 1976 Камол Айнӣ, ки яке аз эроншиносони намоёни таҷрибадор буд, мудири сектори эроншиносии Институти шарқшиносии Академияи илмҳои Тоҷикистон таъйин гардид ва як гурўҳ ҷавонони боистеъдодро ба таҳқиқи масъалаҳои эроншиносӣ раҳнамоӣ кард. Соли 1980 бо пешниҳоди К.Айнӣ дар Институти шарқшиносии Тоҷикистон шўъбаи таҳқиқи дастнависҳо таъсис гардид, ки ташкил ва роҳбарии онро Президиуми Академия ба ўҳдаи Камол Айнӣ гузошт. Шўъба имрўз ба маркази асосии тадқиқоти осори хаттӣ мубаддал гардидааст. Зеро дар бунёди ин муассиса сатҳи омодагии кормандон ба назар гирифта шуда, як гурўҳи мутахассисони пуркор ва пухтакор ҷалб шуданд, ки ҳама муттафиқона машғули вазифа буда, худро дар таҳия, таҳқиқ ва нашри осори бузурги мардуми ховарзамин масъул шинохтаанд.
Шўъбаи таҳқиқи дастнависҳо, ки дар ихтиёри худ секторҳои нигаҳдории дастнависҳо ва фонди дастнависҳои шарқӣ, ки имрўз ба номи А.М.Мирзоев аст, тавсифи илмии дастнависҳо ва каталогсозӣ, матншиносӣ, сектори тарҷумаи илмӣ ва таҳқиқи осори хаттиро дошт, ба як маркази муҷаҳҳази омўзиши осори Ховар табдил ёфта буд, ки ҷои омодашудаи мутахассисони ватаниву хориҷӣ ва меҳмонони давлатӣ гардид. Дар заминаи ин шўъба ва шўъбаҳои дигар баъдтар Институти Ховаршиносӣ ташкил шуд, ки имрўз ба унвони Институти шарқшиносӣ ва мероси хаттӣ фаъолият мекунад.
Аввалин мақолаҳои илмӣ, публитсистӣ ва танқидии Камол Айнӣ дар матбуоти ҷумҳурӣ ва марказӣ ибтидои солҳои панҷоҳум интишор ёфтааст.
Қисми зиёди корҳои илмии муҳаққиқ ба омўзиши масъалаҳои муҳимми адабиёти классикии форсу тоҷик, маданияти гузаштаи Осиёи Миёнаву Эрон ва давраи нави адабиёт ва маданияти тоҷикон ва Тоҷикистон бахшида шудааст.
Китобҳо ва маҷмўаҳои матншиносии осори Бадриддин Ҳилолӣ, Носири Хусрав, Абдураҳмони Ҷомӣ, Умари Хайём, Рўдакӣ, ҳамасрони Рўдакӣ бо кўшиш ва эҳтимоми ў ва ширкати ҳамкорон ба чоп расидаанд.
Солҳои шастум ва ҳафтодум – давраи рушди фаъолияти илмии Камол Айнӣ буда, ў илова ба нашри асарҳое, ки дар фавқ зикр шуда, ба таҳияи нўҳ ҷилди илмии «Шоҳнома»-и Абулқосим Фирдавсӣ (бо ҳамкории Б.Сирус, З.Аҳрорӣ ва аз ҷилди 7 бо А.Девонақулов), осори мунтахаби панҷҷилда ва маҷмўаҳои гуногуни Абдураҳмони Ҷомӣ иштирок ва роҳбарӣ намуда, маҷмўаҳои гуногуни тоҷикиву русӣ ва бо ҳуруфоти арабӣ чопшудаи Садриддин Айнӣ, инчунин Куллиёти ўро тартиб додааст (таҳияи ҳар ҷилд бо ҳамкории дигарон), ки ба ин тариқ аз соли 1958 таҳия ва нашри мутуни комили илмӣ ва интиқодии осори адабии замони нав (ё дар асоси нусхаи замони муаллиф ва ё дар асоси дастнависи ба хатти муаллиф) дар Тоҷикистон ва Ўзбекистон (С.Айнӣ «Асарлар», ҷ.1-8, таҳия бо ширкати К.Айнӣ, с.1963-1967) оғоз ёфтааст.