Шевченко таъйин гардид.
Гарчи кор дар ин нахустмактаби олии ҷумҳурӣ, солҳои 1936-1940 барои ташаккули ҷаҳонбинии касбии ў имконияти зарурӣ фароҳам оварда бошад ҳам, фаъолияти таълимӣ, ширкати доимӣ дар корҳои рўзмарраи ташкилотҳои ҷамъиятӣ барои пешбурди кори бевоситаи илмӣ, ки ҳар чӣ бештар дар қалбаш ҷой мегирифт, имкон намедод.
Чунин шароити мусоид барои пешбурди кори таҳқиқотӣ барояш соли 1940 фароҳам омад. Ӯ ҳамин сол ба шўбаи аспирантураи назди Институти таърихи Академияи илмҳои ИҶШС дохил шуд. Вале оғози Ҷанги Бузурги Ватанӣ нақшаи олими ҷавонро ҷиддан халадор намуд.
Акнун ба мадди аввал зарурати дифои Ватан баромад. Баҳодур Искандаров барои ба ихтиёран ба ҷабҳа рафтан, ариза дода, бо қатъият хоҳиш намуд, ки ўро ба хатти пеши ҷабҳа фиристанд. Дар қатори дигар сарбозони шуҷоъ ин ҷанговари тоҷик тамоми мушкилоти фоҷиабори майдони ҳарбро, дар ҳолате, ки қисми зиёди ҳамяроқонаш дар муҳорибаҳои шадид шаҳид шудаанд, борҳо захм бардоштаю то ҳадди Ғалаба расидааст. Ҳатто баъди хотимаи ҷанг низ вазъи замон ба ў имкон надод, ки ҳар чи зудтар ба ҳаёти муқаррарии гайринизомӣ баргардад. Билохира соли 1947, аз хизмати ҳарбӣ озод шуда, барои идомаи таҳсил дар аспирантура имкон пайдо намуд.
Баъди дифои рисолаи номзадӣ дар мавзўи «Бухоро дар солҳои 1918-1920 (Маҳв кардани аморати Бухоро – мабдаи истилогарони Англис ва қувваҳои аксулинқилобии Руссия дар Осиёи Миёна)», тирамоҳи соли 1950 ба ҷумҳурӣ баргашт.
Баъди таъсисёбии Академияи илмҳои ҶШС Тоҷикистон дар соли 1951 ва дар ҳайати он ташкил намудани Институти таърих, забон ва адабиёт бо сарварии шарқшиноси маъруф А. А. Семёнов, барои Баҳодур Искандаров роҳи васеъ барои идомаи корҳои тадқиқотӣ ва хизматгузорӣ дар ҷодаи рушди илми таърихи ҷумҳурӣ кушода шуд.
Акнун бо ташабуси роҳбарияти ҷумҳурӣ, хосатан Бобоҷон Ғафуров ба ин маркази илмӣ мутахассисони варзида даъват шуданд. Ин барои ба сатҳи эътирофи дараҷаи Умумииттифоқӣ бардоштани нуфузи Институти таърих имконияти васеъ фароҳам овард.
Ҷустуҷўйи мутассил дар бойгониҳои Москва, Ленинград (феълан Санкт-Петербург), Тошканд, шиносоии амиқ бо маъхазҳои таърихию навиштаҳои расмӣ, корҳои чопии тадқиқотчиён, ахбору рўзномаю қайдҳо ва сафарномаҳои саёҳатчиён, намояндагони доираҳои дипломатӣ ва ҳарбии рус, ки баъди ҳамроҳ кардани Осиёи Миёна ба Руссия борҳо сафарҳои расмию ғайрирасмӣ доштаанд, эътимоди олимро ба интихоби мавзўе, ки таҳқиқи онро солҳо дар ниҳодаш мепарварид, яъне тадқиқи ҳаматарафаи таърихи Бухорои Шарқӣ ва Помири давраи навро қавитар гардонд.
Мақолаҳои ба чоп расидаи Баҳодур Искандаров солҳои 1955-1956 «Аз таърихи Бухорои Шарқӣ ва Помир» ва «Тобеъ гардонда шудани районҳои ҷанубӣ-шарқии Тоҷикистон ба аморати Бухоро» гувоҳи васеъ намудани доираи таҳқиқи ин масъала аз тарафи олим мебошад.