Дар Тоҷикистон ҳам дар андак муддат аз «Шоҳнома» достони «Рустаму Сўҳроб», «Баҳроми Чўбина» ва чанд пораи дигар, шеърҳои Рўдакӣ, «Мунтахабот»-и Ҳофиз, Зебуннисо ва дигарон паи ҳам аз чоп баромад. Муҳимтар он ки Айнӣ ҷиддан ба пажўҳиши илмӣ оғоз намуд ва дар байни ду - се сол шаш китоби ў ба табъ расид: «Шайхурраис Абўалӣ Сино» (1939), «Устод Рўдакӣ»
(1940), «Дар бораи Фирдавсӣ ва Шоҳномаи ў» (1940), «Шайх Муслиҳиддин Саъдии Шерозӣ» (1940), «Алишери Навоӣ» (1941), «Як симои номашҳури адабиёти тоҷик – Восифӣ» (1941). Ду рисолаи охир дар маҷалла чоп шуда буд. Ғайр аз ин вай чанд мақола дар бораи таърихи иҷтимоъиву сиёсӣ, забон, мусиқӣ навишт. Сабки Айнӣ дар он рисолаҳо аксаран соф сабки илмӣ нест, балки муаллиф бо ҳиссиёти баланд қалам меронад, бештар ба ҷунбиш овардани шуури иҷтимоъии хонандаро дар назар дорад, мехоҳад, ки дарҳои ганҷинаи забону адаб ва таърихи фарҳангро ба рўи миллат кушояд. Аксари ин асарҳои ўро публисистикаи илмӣ метавон ҳисобид, ки муаллиф илмро чун силоҳе дар майдони муборизаи иҷтимоъӣ ба ғоят устокорона ба кор бурдааст.
Дар аксари китобҳое, ки Айнӣ дар бораи классикони адабиёт навиштааст, масъалаи забон дахл шудааст, хусусан дар рисолаҳои роҷеъ ба Рўдакӣ, Фирдавсӣ ва Ибни Сино масъалаи забон аз масъалаҳои асосӣ буда, нақши ҳар кадоми онҳо дар ташаккули забони форсии дарӣ баррасӣ гардидааст, муносибати забони онҳо ба лаҳҷаи тоҷикони Осиёи Миёна нишон дода шудааст.
Устод Айнӣ аз забони ин се бузургвор пеш аз ҳама содагӣ ва ба форсии тоҷикии кунунӣ бисёр наздик будани онро ба таъкид қайд мекунад. Чунончи дар бораи Рўдакӣ мегўяд: «Забони шеъри Рўдакӣ бисёр содда ва ҳамафаҳм аст, ў калимаҳои арабиро бисёр кам кор мефармояд ва аз суханҳои форсӣ-тоҷикӣ ҳам бештар соддатарин ва оммафаҳмтаринашонро чида гирифта ба кор мебарад. Рўдакӣ хошок, дош, хархаша ва фартут барин калимаҳои кўчагии тоҷикиро ҳам ба кор даровардааст.