Дар фаъолияти илмии Е.Э. Бертелс тадқиқи таърихи адабиёти форсу тоҷик ҷои асосиро ишғол менамояд. Аксари асарҳои илмии ў таҳқиқи масъалаҳои гуногуни адабиёти давраи бостон ва асрҳои миёнаи форсизабонро дар бар мегиранд. Дар зимни ин асарҳо дар бораи устод Абўабдуллоҳ Рўдакӣ низ сухан рафтааст ва ё ягон масъалаи рўзгор ва осори ў мавриди баҳс қарор гирифтааст.