Ҳатто бидуни заминаи назариявии танқиди мулоҳизаҳо (ратсионализм)-и Ғаззолӣ, озодандешӣ ва танқиди ҳокимон аллакай кори хатарнок гашта, ҳамкорони дирӯзааш-мансабдорони эътиқоддошта ӯро дар ҳама ҷо таъқиб кардан гирифтанд. Аз ин рӯ, вай паноҳгоҳи охирини худро дар Бадахшони баландкӯҳ (Юмгони Афғонистон, дар наздикии шаҳри Хоруғи Тоҷикистон) ёфт ва дар он ҷо ба шогирдонаш дарс медод. Ин баландкӯҳҳои Варорӯд, бо тафовут аз баландкӯҳҳои Эрону Ироқ, намунаҳои хушунат ва кушторро нишон намедоданд.
Бо талошҳои ӯ, як навъи озодандешӣ ва сулҳпарваронаи исмоилия дар ин сарзаминҳои баландкӯҳи ватанамон – Тоҷикистон, паҳн гардид, ки баъзан тамоми душворию сахтиҳоро аз сар гузаронида, дар айни ҳол ба яке аз марказҳои созанда ва умедбахши илм ва ҷорӣ кардани навгониҳо мубаддал гашта истодааст.
Андешаҳои торики вазири бузург Низомулмулк дар бораи исмоилияи охири асри XI, ки дар сафҳаҳои охири «Сиёсатнома» ӯ баён гардидааст, ба шарофати фаъолият ва эҷодиёти сулҳпарваронаи Носири Хисрав ва пайравони ӯ амалӣ нагаштанд.
Бешубҳа, ҳаёти фарҳангӣ дар империяи Салҷуқиён дар шаҳрҳои дигаре, ки дар он мадрасаи Низомия вуҷуд надошт, низ идома меёфт, аммо, алалхусус шаҳри шарқии Марв, ки ба пойтахти давлат табдил ёфт, дубора ба сатҳи баланд баромад. Султон Санҷар, ба мисли Маҳмуд Ғазнавӣ, дар замони худ, баъди обод кардани пойтахти нави худ, ду намояндаи арзишмандии илмӣ ва илоҳиётшиносии он замонро даъват кардааст. Аммо, Ғаззолӣ дар роҳ ба сӯйи ӯ тасмими худро дар бораи дубора ба хизмати «қудрати қудратҳо» тағйир дода, ба хонааш баргашт ва Умари Хайём, пас аз хизмати на чандон тӯлонӣ, хизматро тарк кард.