Истиқлолият дар баробари ин ба гузориши масъалаҳои муҳимми илмии таърихӣ, метод ва методологияи таҳқиқоти таърихӣ, мақсад ва ҳадафи ниҳоии пажуҳишҳо низ дигаргунии ҷиддӣ ворид намуд. Пеш аз ҳама пошхўрии чаҳорчўбаи қавии идеологӣ, ки рушди илми таърихро ба ҳадафҳои асосии ҷомеаи шўравӣ комилан мутобиқ сохта, дар доираи методологияи ягонаю ҳатмӣ иҷрои вазифаҳои мушаххасу муайянро талаб мекард, боиси таҷдиди назар ва истифодаи усулу равишҳои гуногун дар таҳқиқи масоили таърихӣ гардид. Табиист, ки раванди гузариш аз методологияи солҳои тўлонӣ ҳукмрон ва дарёфти методологияи нави илмӣ, консепсияи илмии таҳқиқи таърих дар муддати кўтоҳ ба вуқуъ намеояд. Аз ин рў, дар ибтидо роҳҳо ва усулҳои гуногуни омўзиш ва таҳқиқи таърихи халқи тоҷик вусъат пайдо намуд, назарияҳои гуногун ва мухолифи ҳам, пеш аз ҳама пурра инкор намудани дастоварду натиҷаҳои баъзе марҳалаҳои таърихӣ, ё ба таври маснўи мувофиқ сохтани таърихи халқи тоҷик ба консепсияю мавқеи мактабҳои комилан бегона роҳ ёфтанд. Ба таҳқиқу омўзиши таърихи халқи тоҷик афроде даст ёфтанд, ки таҳкурсии қавии илмӣ ва ё асосҳои назариявии касбиро соҳиб набуданд, таъриху матолиби таърихиро бештар ба мақсадҳои ғайриилмӣ истифода мекарданд.
Ҳарчанд теъдоди бештари муҳаққиқони касбӣ аз мавқеи ҳамон консепсияи илмии таҳқиқи таърихи халқи тоҷик, ки бунёди онро академик Б.Ғ. Ғафуров гузошта буд, пажуҳишро идома медоданд.
Консепсияи илмии таҳқиқу омўзиши таърихи халқи тоҷик ҳанўз дар замони шўравӣ аз ҷониби академик Б.