аз ибтидои асри XIX то ҷанги якуми империалистӣ»
рисолаи номзадиро дифоъ менамояд. Ҳарчанд пас аз ҳимояи рисолаи номзадӣ ўро оҷилан барои ишғоли вазифаҳои баландтари ҳизбию давлатӣ ба ҷумҳурӣ даъват менамоянд, вале ў аз тадқиқу омўзиши таърихи халқи тоҷик канор намеҷўяд. Соли 1942 бо ҳамроҳии Н. Прохоров мақолаи илмие доир ба муборизаи халқи тоҷик ба муқобили ғосибони бегона ва истилогаронро дар маҷмуаи «Кори мо ҳақ, душман саркўб хоҳад шуд» («Наше дело правое, враг будет разбит») [2] ба нашр мерасонад. Соли 1944 дар заминаи ҳамин мақола рисолаи илмии Б.Ғ.
Ғафуров ва Н.Н. Прохоров «Халқи тоҷик дар мубориза барои озодӣ ва истиқлолияти ватани худ. Очеркҳо аз таърихи тоҷикон ва Тоҷикистон» [7] аз чоп баромад.
Баробари ин, соли 1945 маҷмуаи «Мавод оид ба таърихи тоҷикон ва Тоҷикистон» [13] китоби якум аз ҳамин силсила таҳти роҳбарӣ ва назари ў чоп шуд.
Солҳои 1942-1948 Бобоҷон Ғафуров дар баробари иҷрои вазифаҳои масъули сатҳи ҷумҳуриявии сиёсию давлатӣ иҷрокунандаи вазифаи мудири сектор (бахш)-и таърихи Институти таърих, забон ва адабиёти Филиали тоҷикистонии АИ ИШ-ро низ ба зимма дошт. Рисолаи илмии «Халқи тоҷик дар мубориза барои озодӣ ва истиқлолияти ватани худ. Очеркҳо аз таърихи тоҷикон ва Тоҷикистон» дар доираи фаъолияти ҳамин шуъба омода гардид. Китоби мазкур соли 2012 бо кўшиши нашриёти «Адиб» ба ифтихори 21 - солагии Истиқлолияти давлатии Ҷумҳурии Тоҷикистон зери унвони «Тоҷикон ва талошҳои таърихии онҳо барои озодии Ватан. (Очеркҳо аз таърихи тоҷикон ва Тоҷикистон)» [11] ба забони тоҷикӣ нашр гардид. Ин китоб нахустин рисолаи илмии фарогирандаи таърихи халқи тоҷик аз замонҳои қадим то соли 1944 буд, ки 23 фасл дошта фасли аввали он «Гузаштаи пурғановати халқи тоҷик» номгузорӣ шудааст.