Дар натиҷаи гуфтушунидҳо се ҳуҷҷат, аз ҷумла Протокол дар бораи вазифаҳо ва ваколатҳои асосии Комиссияи оштии миллӣ ба имзо расид.
Баъда аз ин 5-19 январи соли 1997 дар шаҳри Теҳрон даври шашуми музокироти миёни тоҷикон барпо гардид, ки масъалаи асосии рӯзномаи он таҳия намудани Низомномаи Комиссияи оштии миллӣ буд. Дар натиҷаи ин мулоқот Протокол оид ба масъалаҳои гурезаҳо ба имзо расид, ки аз силсилаи ҳуҷҷатҳои Созишномаи умумӣ буда, боз як дастоварди муҳим дар раванди гуфтушунидҳо гардид. Мазмуни асосии ин Протокол дар ҳамкорӣ бо намояндагони СММ ва дигар созмонҳои байналмилалӣ ба таври ихтиёрӣ, бехатар ва боиззат баргардонидани гурезаҳо ва муҳоҷирони иҷборӣ ба ҷойҳои зисти доимиашон буд.
Ҳукумати ҷумҳурӣ ӯҳдадор гардид, ки реинтегратсияи гурезаҳоро ба ҷойи истиқоматашон таъмин намуда, ба онҳо ёрии молиявӣ, гуманитарӣ расонад, ҳуқуқу манфиатҳои онҳоро барқарор кунад.
Дар Протокол пешбинӣ шуда буд, ки гурезаҳо барои иштирок дар ҳодисаҳои қаблӣ – тазоҳуротҳо, муқовимати сиёсӣ ва ҷанги шаҳрвандӣ ба ҷавобгарии ҷиноятӣ кашида намешаванд. Ин ҳуҷҷат имконият медод, ки гурезаҳо бе тарсу ҳарос аз оқибатҳои ногувор ба Ватан баргарданд ва ба меҳнату зиндагии осоишта машғул шаванд.
21-22 феврали соли 1997 дар шаҳри Машҳади Эрон вохӯрии панҷуми Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон Э. Раҳмон бо роҳбари ИМТ С. А. Нурӣ доир шуд. Дар рафти ин гуфтушунид Низомномаи Комиссияи оштии миллӣ қабул шуда, боз ду санади дигар, аз ҷумла, Протоколи иловагӣ ба Протокол «Дар бораи вазифаҳо ва ваколатҳои асосии Комиссияи оштии миллӣ» ба имзо расид. Бо қабул шудани ин ҳуҷҷатҳо ба масъалаҳои марказӣ – фаъолияти ниҳоди асосии амалисозии Созишномаи умумӣ – Комиссияи оштии миллӣ ва иштироки намояндагони мухолифин дар ҳокимияти давлатӣ равшанӣ андохта шуд. Дар онҳо иштироки баробари намояндагони мухолифин ва ҳукумат дар Комиссияи оштии миллӣ, ба намояндагони ИМТ додани 30 фоизи мансабҳо дар сохторҳои ҳокимияти иҷроия, аз ҷумла, вазоратҳо, муассисаву ташкилотҳо, ҳокимиятҳои маҳаллӣ, мақомоти судӣ ва ҳифзи ҳуқуқ инъикос ёфт. Ҳамчунин пешбинӣ гардид, ки Комиссияи оштии миллӣ аз чор зеркомиссия – доир ба масъалаҳои сиёсӣ; доир ба масъалаҳои ҳарбӣ; доир ба масъалаҳои гурезаҳо; доир ба масъалаҳои ҳуқуқӣ иборат мешавад.
Санади дигари дорои моҳияти махсус аз силсилаи ҳуҷҷатҳои Созишномаи умумӣ – Протоколи масъалаҳои низомӣ дар даври ҳафтуми музокирот, ки аз 26 феврал то 8 марти соли 1997 дар шаҳри Москва баргузор гардид, имзо шуд.