Дар ин Протокол дарҷ гардида буд, ки реинтегратсия, халъи силоҳ ва пароканда намудани гурӯҳҳои яроқноки Иттиҳоди мухолифини тоҷик давра ба давра амалӣ карда мешавад. Мувофиқи ин ҳуҷҷат дар давраи аввал гурӯҳҳои яроқноки ИМТ дар нуқтаҳои ҷамъшавӣ дар ноҳияҳои Ғарм, Комсомолобод, Ванҷ, Ҷиргатол, Рушон, Тавилдара, Тоҷикобод, шаҳри Хоруғ ва қишлоқи Мағмуруди ноҳияи Ленин гирд меоянд ва онҳо дар ин нуқтаҳо сабти ном шуда, аз муоинаи тиббӣ мегузаранд, яроқу аслиҳа, техника ва лавозимоти ҳарбӣ ба ҳисоб гирифта, дар биноҳои ҳифзшаванда нигоҳ дошта мешаванд. Ҳамзамон дар ин давра қувваҳои ҳарбии ИМТ аз ҳудуди Афғонистон ба ҳудуди Тоҷикистон ба нуқтаҳои ҷамъшавии зикргардида ба воситаи Ишкошим ва Панҷи Поён давра ба давра оварда мешаванд.
Шартҳои супурдани яроқу аслиҳаашон низ пешбинӣ шуда буд.
Дар давраи дуюм, баъди на камтар аз як моҳи ҷо ба ҷо шудани қувваҳои ҳарбии ИМТ дар нуқтаҳои ҷамъгардонӣ аз онҳо сохторҳои низомӣ тартиб дода, ба ҳайати сохторҳои қудратии Ҷумҳурии Тоҷикистон ворид карда мешаванд.
Дар давраи сеюм комиссияи муштараки аттестатсионӣ ҳайати шахсии қувваҳои ҳарбии реинтагратсияшударо ба тариқи алоҳида аз санҷиш гузаронида, масъалаи коршоям будани онҳоро барои хизмати ҳарбӣ муайян менамояд ва барои таъйин намудан ба вазифаҳои роҳбарӣ пешниҳод мекунад.
Дар давраи чорум қувваҳои сохторҳои реинтегратсияшудаи ИМТ бояд пурра ба сохторҳои қудратии ҳукуматӣ ворид гардида, ба як ҷузъи он табдил ёбанд. Ин раванд бояд то 1 июли соли 1998 ба итмом расад.
Маълум буд, ки ба қарибӣ миёни ҳукумати Тоҷикистон ва Иттиҳоди мухолифини тоҷик силсилаи ҳуҷҷатҳои зарурӣ ба имзо расида, раванди дар амал татбиқ намудани онҳо истиқрори сулҳу осоиштагиро дар кишвар таъмин хоҳад кард. Дар мулоқоти машваратии вазирони корҳои хориҷии Россия, Қазоқистон, Ӯзбекистон, Қирғизистон ва Тоҷикистон, ки 5 апрели соли 1997 дар Душанбе баргузор гардид, иштирокчиёни он дар баробари муҳокимаи масъалаҳои рушду тавсеа бахшидан ба ҳамкориҳои дуҷониба ва бисёрҷониба, ба раванди музокироти тоҷикон таваҷҷӯҳи хоса зоҳир намуданд. Дар Изҳороти муштараки мулоқоти машваратии вазирони корҳои хориҷии кишварҳои Осиёи Марказӣ ва Россия, ки дар фарҷоми ҳамоиш қабул гардид, аз ҷумла, зикр ёфтааст, ки иштирокчиёни вохӯрӣ кӯшишҳои роҳбарияти Тоҷикистон ва Иттиҳоди мухолифини тоҷикро барои мӯътадилсозии вазъият дар ҷумҳурӣ ва комёб шудан ба оштии миллӣ дастгирӣ мекунанд.
Вазирон омодагии кишварҳои худро барои дастгирӣ намудани Тоҷикистон дар ҳалли масъалаҳои вобаста ба барқарор сохтани сулҳ ва ризоияти миллӣ, расонидани ёрӣ ба ҷумҳурӣ, мусоидат намудан дар татбиқи амалии мувофиқаҳои бадастомада миёни ҳукумат ва мухолифин, аз ҷумла, дар масъалаҳои ҳарбӣ изҳор намуданд.