Айнӣ менависад, ки амир Музаффар (1860-1885) ва вориси
ў Абдулаҳад (1885-1910) «халқро дар торикӣ нигоҳ дошта,
ҳар чизи зинда ва пешқадамро мекуштанд» [1, 315]. Дар
замони ҳукмронии Абдулаҳад (1885-1910) идораи корҳои
уламо ба қозикалони Бухоро вогузор карда шуд, ки «на
танҳо уламои калонро мутеъ мекард, балки занҷири қудрати худро ба гардани толибилмони мадраса низ гузошта
буд» [2, 305].
Таҳлили муфассали вазъи мадраса, таълими фанҳои
таълимӣ, вазъи мударрисону толибилмон дар охири асри
XIX дар осори С. Айнӣ, пеш аз ҳама дар «Ёддоштҳо»,
«Таърихи инқилоби Бухоро» ва «Таърихи инқилоби фикрӣ дар Бухоро» оварда шудаанд [3; 4]. Бино ба маълумоти
ў, дар мадрасаҳои Бухорои охири асри XIX, ҳатто дар
ҷойи фанҳои асримиёнагӣ ва китобҳои дарсии то андозае
нодаркор ҳошия (шарҳи тафсир) ё дебоча (муқаддима), ки
аз ҷониби худи мударрисон ва ё устодони онҳо таълифшуда, таълим дода мешуд; аз раванди таълим геометрия,
таърих ва тиб пурра бароварда шуда буданд; ҳаттона дар
ҳама мадрасаҳо чунин фанҳои динӣ, аз қабили ҳадис ва
тафсир (тафсири Қуръон) таълим дода мешуданд; тамоми
ҳуҷраҳо ё гўшаҳое, ки дар он толибилмони мадраса зиндагӣ мекарданд ба моли хусусии уламо табдил ёфта
буданд; ҷойи мударриси донишманду қобилро муаллимони бесавод ва мутаассиб ишғол карда буданд; ҳамзамон
маҳдудшавии барномаҳои таълимии мадрасҳо боиси аз
байнравии китобхонаҳои бузурги шаҳр гардиданд [3, 305].
Табиист, ки дар чунин ҳолат мадрасаҳо на танҳо одамони донишманду босаводро тарбия карда наметавонистанд, ҳатто ба додани маълумоти комили динӣ низ иқтидор надоштанд. Аз ин рў, хатмкардагони мадрасаҳо асосан ба сафи ходимони динии дастгоҳи маъмурию давлатӣ шомил мешуданд ва ё имомхатиби масҷидҳо таъйин мегардиданд ё бархе аз онҳо дар мадрасаҳо маскан гирифта вазифаи мударрисиро соҳиб мегаштанд.